גדר/חומת ההפרדה באזור ירושלים נבנתה ברובה בסמוך לגבול המוניצפאלי של ירושלים כך שהיא מפרידה בין השכונות במזרח ירושלים לבין הגדה המערבית, אך התוואי של הגדר במרחבים מסוימים בעיר יצר שני סוגים של מצבים חריגים ומורכבים. בכמה אזורים הגדר הביאה לכך ששכונות בגבול המוניציאפלי של ירושלים הוצאו אל מחוץ לגדר (כמו כפר עקב). במקביל לכך, הגדר הביאה לכך שכמה אזורים שנמצאים מחוץ לגבולות ירושלים והם חלק מהגדה המערבית – וחלקם אף נמצאים בשליטה מלאה של הרשות הפלסטינית כשטחי A – נכנסו לתוך "הצד הישראלי" של הגדר. אלו הנסיבות שנוצרו בדרום העיר בשכונת צור באהר, שרובה נמצאת בתוך ירושלים (בבחירות האחרונות לעירייה תושב השכונה אף ניסה להתמודד על מקום במועצת העיר) אך אזור ואדי חומוס, שנמצא בחלק הדרום-מזרחי של השכונה, נמצא מחוץ לגבולות ירושלים ומוגדר כשטח בשליטה של הרשות הפלסטינית.
כדי להבין את התפתחות אזור המגורים בואדי חומוס, יש לציין כי לאורך השנים אדמות צור באהר הופקעו לטובת בנייה לשכונות היהודיות תלפיות מזרח והר חומה (וגם לטובת בניית הגדר ו"הכביש האמריקאי"). לצור באהר לא נותרו עוד אזורים להתרחב מלבד מזרחה לכיוון הגדה המערבית. כך התפתח אזור מגורים זה, אליו עברו להתגורר זוגות צעירים ומשפחות צעירות מבין תושבי השכונה. במהלך הדיונים לקראת הקמת הגדר, התושבים ביקשו שהיא לא תעבור בתוך השכונה אלא תאפשר לכל השכונה, כולל המבנים בואדי חומוס, להישאר כיחידה אחת וכך אכן היה. המצב המורכב באזור זה הוליד שאלות משפטיות שונות שנידונו לאורך השנים בבתי משפט, במיוחד בנוגע למעמד המשפטי של תושבי צור באהר המתגוררים באזור. מאחר שמתחם ואדי חומוס נמצא בשליטה, ותחת סמכות של הרשות הפלסטינית (שטחי A ו-B), התושבים ביקשו וקיבלו היתרי בנייה ממשרדי התכנון של הרשות.